En 2000 Gary McCoy se llevó la primera victoria de la categoría reina en este circuito (Roberts fue segundo y Rossi, tercero).
En 2002 ganó Valentino Rossi en 500 cc. en una carrera con mucha lluvia que había estado liderando Sete Gibernau casi todo el tiempo. A falta de cuatro vueltas se fue al suelo. Carlos Checa fue segundo ese año.
Alex Barros tuvo uno de sus mejores fines de semana aquí en 2005. Fue el más rápido en varios entrenamientos, salió desde la pole e hizo la vuelta rápida en carrera. Aquí también estaba liderando la prueba Sete Gibernau, que se cayó a ocho vueltas del final dejándole la victoria al brasileño. Hacía tres años que no ganaba una carrera, lo que "el abuelo" no sabía en ese momento es que ésta sería su última victoria en el Mundial de Moto GP.
Ese mismo año (2005) un jovencito Casey Stoner ganaba con 18 años su primera carrera en 250 cc., a la vez que Mika Kallio obtenía su primera victoria en 125 cc.
Estoril 2006 es una cita que Toni Elías no olvidará nunca. Aquí, en el llamado 'cuarto GP español' ganó su primera carrera (y única hasta el momento) en Moto GP. Fue además una victoria vibrante en la que se impuso por sólo dos milésimas a Valentino Rossi, con el que estuvo luchando toda la carrera como un jabato. El italiano tuvo que reconocer que Elías ese día había estado enorme. Empató con la victoria más ajustada registrada en la categoría reina desde la introdución del cronometraje electrónico. (En la práctica, la distancia entre la rueda delantera de uno y la del otro al pasar por meta era la equivalente a una cajetilla de tabaco)
Pero sobre todo la carrera de 2006 se recordará por ser aquella en la que Dani Pedrosa tiró a su compañero de equipo Nicky Hayden al intentar rebasarle por el interior en una curva. Los gritos del estadounidense entonces debieron escucharse hasta en Lisboa porque Nicky se estaba jugando el título. Suerte que la caída de Rossi en la última prueba de esa temporada, en Cheste, dejase el título en bandeja a Hayden, por lo que el de Kentucky decidió no guardarle rencor a Dani por los puntos que perdió en Estoril.